ガンダムの軌跡を追う。

〜あらすじ〜　スペースコロニーと呼ばれる、宇宙に浮かぶ巨大な居留区に、人間が移り住んだのを起源とした、宇宙世紀００７９年が舞台の物語。そのコロニー群の中で地球から最も遠いサイド３はジオン公国を名乗り、地球に独立戦争を仕掛けてきた。
彼らは、宇宙移民であるスペースノイドの独立を主張し（実際は独立ではなく、人類を支配する事が目的？）、人型機動兵器である「モビルスーツ（MS）」の開発成功を機として、地球連邦に対して独立戦争を仕掛けてきた。その戦いは凄まじく、ジオン公国は宣戦布告と共に先制攻撃。月面都市グラナダの制圧・サイド1・2・4への奇襲攻撃・また、サイド３の軌道を逸らし、地球へ落下させる俗に「コロニー落とし」と呼ばれる作戦を次々と展開。双方共に、わずか一週間の間に総人口の半分を死に追いやるという、途方も無い規模の犠牲者が出る事となった。
そんな中、サイド７に住む少年・アムロ・レイは、偶然が重なりガンダムのパイロットななってしまうのだが、そのガンダムの母艦であるホワイトベースは戦いの中で正規の戦闘員の多くを失い、アムロ他ホワイトベースに避難した少年少女たちと、生き残った戦闘員と共に協力してサイド７を脱出するも、宇宙には赤く塗装したザクを駆るジオン公国のエースパイロット・シャア・アズナブルが待ち構えていた・・。

宇宙世紀0087。前作で描かれた一年戦争（地球連邦とジオン公国の戦争）終結から7年後の世界が舞台である。

ジオン公国軍に勝利した地球連邦軍は増長しコロニーに対し再び支配と圧力を強めていた。やがて、地球連邦軍内部に「ジオンの残党狩り」を名目にスペースノイドへの強権的制裁を加えるエリート部隊「ティターンズ」が創設されたのだが、ティターンズはその思想を背景に急速に勢力を拡大させていき、これに反発する一部の連邦軍人やスペースノイド達は反地球連邦政府組織「エゥーゴ」を結成する。やがてエゥーゴがティターンズの拠点、「グリプス（グリーンノア）」を襲撃しコロニーの住民カミーユ・ビダンはその戦闘に巻き込まれていく。

劇中の物語はここから始まり、エゥーゴとティターンズの戦いを主軸に、地球連邦軍、さらにザビ家残党（元ジオン軍の一派）が結成した軍事組織アクシズ（後のネオ・ジオン軍となる組織）の動きを絡めて描かれていく。

宇宙世紀0088年、グリプス戦役でティターンズは壊滅したが、同時にエゥーゴも勢力が衰退していった。そんな中、ハマーン・カーンに率いられたジオン軍残党 アクシズが地球圏の制覇に乗り出す。

グリプス戦役で傷ついたエゥーゴの戦艦 アーガマは、サイド1 シャングリラに寄港。そこでジャンク屋稼業をしている主人公 ジュドー・アーシタとその仲間たちが、Ζガンダムを奪って一儲けしようと企んだことから、アーガマと関わり合いをもち、これに敵対するネオ・ジオン軍（アクシズ）の戦艦 エンドラとの戦闘に巻き込まれる事となる・・。