ガンダムの軌跡を追う。

〜あらすじ〜　架空の年代であるコズミック・イラ（C.E.）70年代に起きたナチュラルを代表する地球連合軍（O.M.N.I.Enforcer） とコーディネイターを代表するザフト軍（Z.A.F.T.） による戦争を舞台に、少年たちが戦争に巻き込まれ戦う姿を描いていく。（この作品中で言われる「ナチュラル」とは、コーディネイターに対して遺伝子操作をしていないごく普通の人間という意味であり、「コーディネイター」とは遺伝子操作により優れた頭脳・肉体を持たされて生まれてきた人間のことである。）

前作、「機動戦士ガンダムSEED」での終盤の舞台となった戦い、第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦から2年後の世界が舞台。

C.E.（コズミック・イラ）71年6月15日。大西洋連邦とオーブ連合首長国によるオノゴロ島の攻防戦の中、シン・アスカはたった一発の砲弾で家族を失った。妹 マユが落とした携帯電話を握り締め、彼は自らの非力さに絶望する。

その後、地球連合軍とザフト軍による大戦は、第二次ヤキン・ドゥーエ宙域戦、ユニウス条約の締結を経て、一応の停止を見た。しかし、争いの火種は消えることはなかった。

それから2年後、C.E.73年10月2日。プラント最高評議会議長 ギルバート・デュランダルとの非公式会談の為、新造艦 ミネルバの進水式の準備が進むL4 アーモリーワンを訪れたカガリ・ユラ・アスハとアスラン・ザラ。だがその最中、ザフト軍が開発した新型MS（モビルスーツ） カオス、ガイア、アビスが何者かに強奪され、周囲は混乱に陥る。 これを阻止すべく、ミネルバからも新型機インパルスが出撃。そのパイロットは、プラントに渡りザフト軍に入隊したシン・アスカであった。

新型機を強奪した謎の部隊を追い、カガリとアスランを伴ったままミネルバは出撃する。だがそんな中、安定軌道にあったはずのユニウスセブンが地球に落下し始めたという報せが入る。それは、ナチュラルへの憎しみを募らせ続けるザフト軍脱走兵達の仕組んだものだった。しかし、この事件を利用しようと暗躍する者達も動き始め、世界は再び混乱と戦火に包まれていった。

西暦2307年。人類は枯渇した化石燃料に代わるエネルギー源となる軌道エレベーターと宇宙太陽光発電システムを手に入れていた。しかし、莫大な建造費が必要な軌道エレベーターを所有しその恩恵が得られるのは3大国家群である「ユニオン」、「人類革新連盟」、「AEU」のみであり、それらの超大国は全面的な対決こそ無いものの熾烈な軍備開発競争による冷戦状態にある。そしていずれの連合にも属せなかった小国は貧困にあえぎ、紛争や内戦を繰り返していた。

そんな世界の中で突然現れた謎の私設武装組織「ソレスタルビーイング」（CB）は、人型機動兵器モビルスーツ（MS）「ガンダム」を投入。世界から戦争を根絶させるべく戦いを挑むが、それは「平和のための武力行使」という矛盾も抱えていた。

ガンダムを操るのは4人の青少年。彼らは自らを「ガンダムマイスター」と呼ぶ……。